Auf Vorschlag des Gesamtgerichts wählt die Bundesversammlung das Präsidium des Gerichts. Die Wahl erfolgt jeweils für zwei Jahre. Die einmalige Wiederwahl in die jeweilige Funktion ist zulässig. Der Präsident/die Präsidentin führt den Vorsitz im Gesamtgericht und in der Verwaltungskommission. Er/sie vertritt das Gericht nach aussen.
Für die Amtsperiode 2019/2020 hat die Vereinigte Bundesversammlung Marianne Ryter als Präsidentin sowie Vito Valenti als Vizepräsidenten des Bundesverwaltungsgerichts gewählt.
