Auf Vorschlag des Gesamtgerichts wählt die Bundesversammlung das Präsidium des Gerichts. Die Wahl erfolgt jeweils für zwei Jahre. Die einmalige Wiederwahl in die jeweilige Funktion ist zulässig. Der Präsident/die Präsidentin führt den Vorsitz im Gesamtgericht und in der Verwaltungskommission. Er/sie vertritt das Gericht nach aussen.
Für die Jahre 2023/2024 hat die Vereinigte Bundesversammlung Vito Valenti als Präsident sowie Stephan Breitenmoser als Vizepräsidenten des Bundesverwaltungsgerichts gewählt.
