La présidence du tribunal est élue par l’Assemblée fédérale, sur proposition de la Cour plénière. Le mandat est de deux ans, et ses membres peuvent être reconduits une fois dans la même fonction. Représentant le tribunal à l’extérieur, le/la président/e exerce également la présidence de la Cour plénière et de la Commission administrative.
Pour les années 2023/2024, l'Assemblée fédérale (Chambres réunies) a élu Vito Valenti comme président et Stephan Breitenmoser comme vice-président du Tribunal administratif fédéral.
