Disposant tous d'une formation juridique, quelque 240 greffiers et greffières travaillent dans l'une des six cours du tribunal. Ils sont rattachés soit à un juge (groupes de deux à quatre greffiers) soit à un pool de greffiers travaillant pour plusieurs juges.
Leur tâche principale est de participer à l'instruction et au jugement des affaires. Ils élaborent des rapports sous la responsabilité d’un juge et rédigent les arrêts du Tribunal administratif fédéral. Ils ont voix consultative. En outre, ils tiennent le procès-verbal des débats et des délibérations et sont compétents pour la préparation et l’anonymisation des arrêts destinés à la publication ou remis à des tiers.
