Le Secrétariat général du Tribunal administratif fédéral exerce la surveillance administrative des commissions fédérales d'estimation depuis le 1er janvier 2021. Il se fonde à cet égard sur la loi fédérale sur l’expropriation (LEx; RS 711). La surveillance est assurée par la secrétaire générale resp. le secrétaire général, qui est ainsi chargée de surveiller la gestion administrative des commissions d’estimation ainsi que leurs présidents. À ce titre, il/elle peut demander des rapports ponctuels ou périodiques aux présidents et aux commissions. Il/Elle est aussi compétente pour le versement des indemnités ou des rémunérations aux membres des commissions d'estimation et au personnel de leur secrétariat.
Les membres des commissions fédérales d'estimation sont désignés par le Tribunal fédéral pour une durée de fonction de six ans, ce qui correspond à la durée de fonction des juges du Tribunal administratif fédéral. Lorsqu’un membre de commission atteint l’âge de 68 ans, sa période de fonction s’achève à la fin de l’année.
