Le Tribunal administratif fédéral se divise en six cours qui traitent les affaires selon les domaines juridiques concernés.
La Cour I traite des procédures qui ont pour objet principal les infrastructures, l’environnement, les redevances, la LPP et le personnel de la Confédération. Elle s’occupe également des procédures d’autorisation au sens de la loi fédérale sur le renseignement. La Cour II se consacre aux domaines de l'économie, de la formation et de la concurrence. La Cour III a pour domaine de compétence principal les assurances sociales et la santé publique. Les Cours IV et V sont compétentes pour les questions de droit d'asile. La Cour VI est en charge des affaires relevant du droit des étrangers et du droit de cité.
La répartition des affaires est réglée dans l'annexe du Règlement du Tribunal administratif fédéral (RTAF).
