Il TAF è strutturato, secondo i settori giuridici, in sei Corti. La ripartizione delle cause è disciplinata in dettaglio nell'allegato del regolamento del Tribunale amministrativo federale (RTAF).
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Corte I
Rientrano nella competenza della Corte I le cause concernenti il principio della trasparenza, la protezione dei dati, la responsabilità dello Stato, il diritto del personale, gli affari militari, i progetti d’infrastruttura (rete elettrica, strade nazionali, impianti aeroportuali, infrastruttura ferroviaria), la circolazione e i trasporti, l’energia e l’utilizzazione delle acque, le espropriazioni, i servizi postali e le telecomunicazioni, i servizi radiotelevisivi, nonché il diritto fiscale relativo alle imposte riscosse dalla Confederazione (imposta sul valore aggiunto, dazi doganali, imposta preventiva, tasse di bollo) e l’assistenza amministrativa internazionale in materia fiscale. La Corte I si occupa altresì delle procedure relative alle misure di acquisizione e ai mandati per l’esplorazione di segnali via cavo soggetti ad autorizzazione ai sensi della legge federale sulle attività informative.
La Corte I si suddivide in dodici settori specializzati.
La Corte I si occupa delle procedure di autorizzazione ai sensi della legge federale sulle attività informative (LAIn). Le sue sentenze non vengono di regola pronunciate in ultima istanza, ovvero è ammissibile il ricorso presso il Tribunale federale.
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Corte II
La Corte II giudica cause in materia di diritto economico, della concorrenza e della formazione. Le sue competenze si suddividono in otto settori:
Settore 1 - Diritto dei cartelli e sorveglianza dei prezzi
Settore 2 - Acquisti pubblici
Settore 3 - Registro di commercio e diritto delle ditte commerciali
- Proprietà intellettuale
- Denominazioni di origine protette
Settore 4 - Agricoltura
- Protezione degli animali
- Epizoozie
- Protezione delle specie
Settore 5 - Approvvigionamento economico del Paese
- Prodotti da costruzione
- Controllo dei metalli preziosi
- Commercio con l'estero/garanzia contri i rischi dell'esportazione (GRE)/legge sugli embarghi
- Affari non attribuiti ad altre materie (in particolare servizio civile)
Settore 6 - Società di capitali di rischio
- Banca nazionale
- Vigilanza su istituti di credito e borse
- Riciclaggio di denaro
- Sorveglianza degli assicuratori privati
- Assistenza amministrativa
- Sorveglianza dei revisori
Settore 7 - Formazione (senza esami)
- Legislazione in materia di lavoro
- Assicurazione contro la disoccupazione
Settore 8 - Sussidi/promozione/contributi (tranne agricoltura)
- Esami nel settore della formazione
- Case da gioco
- Gioco d'azzardo
- Vigilanza sulle fondazioni
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Corte III
La Corte III tratta le cause che riguardano principalmente le assicurazioni sociali e la sanità pubblica.
Tali competenze comprendono soprattutto le cause in materia di assicurazione per l'invalidità e di assicurazione per la vecchiaia e per i superstiti per le persone all'estero, ma anche su questioni speciali legate alla previdenza professionale (ad es. liquidazioni parziali di istituti di previdenza), all'assicurazione malattia (ad es. pianificazioni ospedaliere o questioni tariffarie), all'assicurazione contro gli infortuni (ad es. assoggettamento di aziende), agli agenti terapeutici (ad es. omologazione di un medicamento) e così via. -
Corte IV
La Corte IV è competente per le cause inerenti al settore del diritto in materia di asilo.
Come la Corte V, la Corte IV giudica in particolare sui ricorsi contro le decisioni della Segreteria di Stato della migrazione (SEM). Tali ricorsi hanno per oggetto la non entrata nel merito o il rigetto di domande in materia di asilo e l'allontanamento nonché la relativa esecuzione. È inoltre istanza di ricorso in caso di revoca di un'ammissione provvisoria pronunciata nell'ambito della procedura di asilo o di diniego provvisorio di entrata e di assegnazione di un luogo di soggiorno all'aeroporto. Sono inoltre trattate dalla Corte IV le decisioni di rifiuto o revoca della protezione provvisoria.
Contrariamente alle altre Corti del Tribunale, le sentenze delle Corti IV e V sono definitive e non possono essere impugnate dinanzi al Tribunale federale. Un'altra particolarità stabilita dalla legge sull'asilo è che, secondo le circostanze, le sentenze materiali possono essere pronunciate da un giudice unico con l’approvazione di un secondo giudice.
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Corte V
La Corte V è competente per le cause inerenti al settore del diritto in materia di asilo.
La Corte V giudica, come la Corte IV, sui ricorsi contro le decisioni della Segreteria di Stato della migrazione (SEM) concernenti il rigetto o la non entrata nel merito di domande d'asilo e l'allontanamento. Sono di competenza della Corte V anche i ricorsi contro il diniego provvisorio di entrata e l'assegnazione di un luogo di soggiorno all'aeroporto, l'assegnazione dei richiedenti l'asilo ai Cantoni, il diniego di ricongiungimento familiare, la revoca dell'asilo, la revoca di un'ammissione provvisoria pronunciata nell'ambito della procedura di asilo o il rinvio coatto.
Un'altra particolarità stabilita dalla legge sull'asilo è che, secondo le circostanze, le sentenze materiali possono essere pronunciate da un giudice unico. Le Corti IV e V decidono in ultima istanza; le loro sentenze non possono essere impugnate dinanzi al Tribunale federale.
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Corte VI
Alla competenza della Corte VI sono attribuite le cause in materia di stranieri e di cittadinanza.
Rientrano in quest'ambito in particolare l'entrata in Svizzera, il respingimento, il soggiorno, l'ammissione provvisoria e i documenti d'identità. La Corte VI tratta anche cause in materia di riconoscimento dell'apolidia, misure di polizia per la lotta contro il terrorismo, di aiuto sociale per gli Svizzeri all'estero e in alcuni settori dell'asilo (ad es. funzionamento dei centri di registrazione, assegnazione dei richiedenti l'asilo ai Cantoni, costi dell'asilo).