Organes de direction
La direction juridique et administrative du Tribunal administratif fédéral est assurée par plusieurs organes: composée de l’ensemble des juges, la Cour plénière et l’organe suprême du tribunal; viennent ensuite la Commission administrative qui comprend cinq juges et la Conférence des présidents qui réunit les présidents et présidentes des six cours du tribunal.
Composée des juges du Tribunal administratif fédéral, la Cour plénière est chargée d'édicter les règlements importants, de traiter certains dossiers et de procéder à diverses nominations. La constitution des cours, la nomination de leur président et la nomination du secrétaire général font notamment partie de ses tâches. La Cour plénière est convoquée par le président du tribunal.
Organe collégial, la Commission administrative assure la gestion du tribunal. Elle se charge de toutes les questions administratives dont la compétence n’est pas dévolue à d’autres organes par la loi sur le Tribunal administratif fédéral ou tout autre règlement du tribunal. Outre le/la président/e (qui cumule avec la présidence du tribunal celle de la commission) et le/la vice-président/e du tribunal, elle compte au plus trois autres juges élus par la Cour plénière pour deux ans, avec un mandat reconductible une seule fois en qualité de simple membre. Une élection ultérieure à la présidence n’est donc pas exclue.
La Conférence des présidents est composée des présidents des six cours. Elle joue un rôle important en ce qui concerne la qualité de la jurisprudence du Tribunal administratif fédéral. Sa mission consiste essentiellement à
édicter des directives et des règles uniformes pour la rédaction des arrêts, à coordonner la jurisprudence entre les cours et à prendre position sur des projets d’actes législatifs.