Ogni giudice è membro di una delle sei corti del Tribunale amministrativo federale, le quali si suddividono in funzione delle materie trattate. I giudici sono responsabili della corretta esecuzione delle procedure di ricorso e dei procedimenti promossi mediante azione. Il giudice cui è attribuita l'istruzione del procedimento è responsabile dell’accertamento dei fatti, per esempio della raccolta dei mezzi di prova e dell'audizione (di regola per scritto) delle parti sulle rispettive argomentazioni.
Soltanto dopo tali atti procedurali inizia la fase dell'elaborazione della sentenza alla quale di regola partecipano, assieme al giudice dell'istruzione, anche due altri giudici e un cancelliere (con voto consultivo). In caso di bisogno possono essere costituiti collegi composti da giudici di corti diverse, per esempio se:
- deve essere giudicata una questione di diritto che riguarda materie comuni alle corti;
- per giudicare una questione di diritto sono necessarie le conoscenze specialistiche di un’altra corte;
- occorre aiutare i giudici di altre corti per equilibrare il carico di lavoro.
Il collegio giudicante valuta le allegazioni delle parti, i fatti e i mezzi di prova secondo le pertinenti disposizioni della Costituzione e delle leggi, e li pondera in base alla controversia sottoposta al Tribunale.
La sentenza scritta viene redatta da un cancelliere o una cancelliera sotto la responsabilità del giudice che presiede il collegio giudicante.
