Le Secrétariat général fournit l'infrastructure nécessaire au fonctionnement du tribunal et assiste les cours par diverses prestations scientifiques et administratives. Ces services sont également à la disposition du Tribunal fédéral des brevets au prix de revient.
Le Secrétariat général se compose de cinq secteurs spécialisés: Ressources humaines, Finances et services, IT & Transformation, Services scientifiques et Service juridique . Il comprend en outre plusieurs services d’état-major, à savoir la surveillance des CFE, le préposé à la protection des données, à la protection des informations et à la transparence (PPDPIT), l’Etat major/Assistances (avec le service linguistique), la Communication ainsi que la Chancellerie centrale et centre de scannage. Le large éventail des tâches est assuré par quelque 80 collaborateurs et collaboratrices.