Il Segretariato generale predispone l’infrastruttura per il funzionamento del Tribunale e assiste le Corti fornendo numerose prestazioni scientifiche e amministrative, che mette a disposizione anche del Tribunale federale dei brevetti, a prezzo di costo.
Il Segretariato generale si compone di sei settori: Risorse umane, Finanze e servizi, Comunicazione, Servizi scientifici, Informatica nonché Servizio giuridico. Circa 70 collaboratori si occupano di un ventaglio di compiti altamente diversificati.